Menurut laporan masonik, Coudenhove-Kalergi meninggal akibat strok. Walau bagaimanapun, setiausaha beliau menunjukkan bahawa Coudenhove-Kalergi mungkin membunuh diri. Dalam memoir beliau yang ditulis oleh setiusaha tersebut, dia mengata bahawa peninggalan beliau telah disimpan rahsia agar tidak mengecewakan mereka yang menyebut beliau sebagai pewawas agung integrasi Eropah. Coudenhove-Kalergi adalah ketua Kesatuan Se-Eropah hingga kematian beliau. Kepresidenan beliau digantikan oleh Otto von Habsburg.

Coudenhove-Kalergi ditanam di Gruben berdekatan Gstaad. Kubur beliau, ditutupi anggur buas, terletak di kebun batu Jepun di Alpes Swiss. Di kuburnya adalah epitaph Perancis "Pionnier des États-Unis d'Europe" (Perintis Eropah Syarikat).

Coudenhove-Kalergi mengahwini tiga kali: ke Ida Roland (1881–1951), ke Alexandra Gräfin von Tiele-Winckler (1896–1968), dan ke Melanie Benatzky-Hoffmann (1909–1983). Cahaya mata berketahuan beliau adalah anak perempuan Ida Erika dan anak lelaki Alexandra Alexander, dua daripadanya adalah anak angkat beliau.